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全基因組Bisulfite甲基化測序

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全基因組Bisulfite甲基化測序

產品描述信息

     DNA甲基化是重要的表觀遺傳學標記信息。遺傳序列的甲基化,作為DNA化學修飾的一種形式,能在不改變DNA序列的前提下,使甲基化的基因沉默化,進而使其失去功能,從而改變遺傳表現,導致表型差異,產生組織結構和功能上的分化。獲得全基因組范圍內所有C位點的甲基化水平數據,對于表觀遺傳學的時空特異性研究具有重要意義。
     DNA甲基化的異常,也與疾病密切相關,如腫瘤(抑癌基因的沉默)、精神性疾病(Rett綜合癥)、X-染色體沉默、自身免疫疾病等。我們以新一代高通量測序平臺為基礎,結合全基因組Bisulfite處理和生物信息數據分析技術,在全基因組范圍內找到甲基化位點,繪制單堿基分辨率的甲基化圖譜,對于深入全面的研究胚胎發育、衰老等表觀遺傳差異,疾病機制研究和疾病相關甲基化標記位點的篩選具有重要的意義。

產品詳細信息

         DNA發生甲基化的過程中會將甲基(-CH3)添加到DNA分子的胞嘧啶環的5’碳上,這種5’方向的DNA甲基化方式可見于所有脊椎動物。通過重亞硫酸鹽對DNA序列進行處理,未發生甲基化的胞嘧啶堿基( Cytosine )會轉化為尿嘧啶堿基(Uracil),而甲基化的胞嘧啶則不會改變。

        重亞硫酸鹽測序(Bisulfate Sequencing)原理:通過重亞硫酸鹽對DNA序列進行處理,未甲基化的胞嘧啶堿基( Cytosine )會轉化為尿嘧啶堿基(Uracil),而甲基化的胞嘧啶則不會改變,通過測序并比較序列信息,則會精確定位甲基化位點信息。

1、檢測精度高:單堿基分辨率,精確分析每一個C堿基的甲基化狀態;

2、效率高,耗時少:借助新一代高通量測序平臺,對全基因組5mC信息進行高效掃描,可以覆蓋全基因組內所有的甲基化位點,前所未有的對甲基化位點進行最全面的檢測,精準描繪出全基因組范圍內單堿基單位的甲基化景觀圖;

3、性價比高:相對于傳統PCR結合Sanger測序方法,費用少。

1、樣品類型:基因組DNA

2、樣品濃度:≥100 ng/µl

3、樣品總量:≥10ug

4、樣品純度:OD260/280=1.8~2.0

5、樣品完整性:基因組DNA無明顯降解,主帶清晰,無嚴重RNA污染,需提供凝膠電泳檢測膠圖。

6、注意事項:最終樣品DNA質量以源泉宜科的檢測結果為準;若DNA總量超過上機要求,可以進行樣品備份;項目完成后,將不再保存剩余樣品。

              昆蟲甲基化圖譜繪制 Nature Biotechnology. 2010. 28:516-520.

      該研究對兩只家蠶(Bombyx mori)絲腺組織進行了研究,發現非CpG位點(CHGCHH)的假陽性率非常高。結合兩個個體的mCs位點,構建了家蠶全基因組甲基化圖譜。共發現173,505mC,其中99.2%發生在CG位點。基因區的絕對/相對甲基化率明顯較高,而與smRNA互補的基因序列的甲基化程度也高于全基因組甲基化的平均水平。基因的表達水平與甲基化水平有顯著正相關,但啟動子區的甲基化水平則與基因表達水平無相關性。該研究為低甲基化物種的研究開創了一個新的格局,證實Bisulfite-Seq可用于此類物種的研究。

 

家蠶絲腺組織基因組不同功能區域的甲基化差異。(a) 不同功能區域的甲基化水平;(b, c) 編碼基因分析;(d) 甲基化水平與GC含量的相互關系

[1] Lister R, O’ Malley RC, Tonti-Filippini J, Gregory BD, Berry CC, Millar AH, Ecker JR. Highly integrated single-base resolution maps of the epigenome in Arabidopsis[J]. Cell, 2008, 133:523-536.

[2] Xiang Hui, Jingde Zhu, et al. Single base-resolution methylome of the silkworm reveals a sparse epigenomic map. Nature Biotechnology. 2010. 28: 516-520.

[3] Ehsan Habibi, Arie B. Brinkman, Julia Arand, et al. Whole-Genome Bisulfite Sequencing of Two Distinct Interconvertible DNA Methylomes of Mouse Embryonic Stem Cells. Cell Stem Cell - 5 September 2013 (Vol. 13, Issue 3, pp. 360-369).

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